一度取り出した書類を、再度預ける方法は？

はい、可能です。倉庫から取り出す際に「倉庫に戻す予定あり」を選択してください。「倉庫に戻す予定なし」を選択された場合は新たに文書箱を購入し新規お預入れ依頼をしてください。
https://書類保管.com/flow/